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如果在12306网站上注册时，填写的手机号码与身份证信息不匹配，可能会影响使用。因为12306网站注册账号时，手机号和身份证必须匹配，以便接收验证码和账户安全通知。如果手机号码不正确或无法匹配，可能无法成功注册账户，也就无法使用该网站预订火车票。此外，即使已经注册成功，在某些情况下（如忘记密码需要找回时），也需要通过手机验证来确认身份。因此，为了确保顺利使用12306网站预订火车票，建议核对并确保手机号码和身份证信息的准确性。
如果因为特殊原因必须使用不匹配的手机号码和身份证信息注册，建议联系相关客服或工作人员协助处理，他们可能会要求提供相关证明来验证身份并帮助解决问题，但请注意，这种做法可能不符合官方规定，存在一定风险，建议尽量确保填写的手机号码与身份证信息一致。